Zgodnie z ustawą strukturę organizacyjną IIP stanowią:
- minister właściwy ds. administracji publicznej koordynujący tworzenie, utrzymywanie i rozwijanie IIP przy pomocy Głównego Geodety Kraju oraz doradztwie Rady IIP,
- organy wiodące w zakresie przyporządkowanych im tematów,
- inne organy administracji, zwłaszcza organy prowadzące rejestry publiczne zawierające zbiory danych przestrzennych objęte infrastrukturą,
- osoby trzecie wnoszące swój wkład do IIP.
W strukturze tej szczególna rola przypada Głównemu Geodecie Kraju, który wykonuje nie tylko zadania koordynacyjne, ale jest również organem wiodącym 15 tematów, odpowiada za kontakty z Komisją Europejską oraz tworzy i rozwija geoportal IIP.
Ustawa o IIP określa 12 organów wiodących: